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비잔티움 황제 아나스타시우스 1세에게 교황 즉위 사실을 통보하면서 484년 교황 펠릭스 3세에게 폐위·파문당한 전임 콘스탄티노폴리스 총대주교 아카키우스에게 유화적인 태도를 보였다.

아카키우스 분열은 펠릭스 3세의 이 조치로 인해 발생한 것이었다. 아카키우스의 지지자들이 로마로 파견한 비잔티움 부제 포티누스를 교황이 맞이하자 로마에서는 교황이 아카키우스를 복권시키려 한다는 비난과 함께 한 차례 분쟁이 벌어졌다. 아나스타시오는 이 분쟁이 진행되는 동안 죽었다. 여러 요소들이 섞여 있는 한 전승은 아나스타시오가 포티누스의 권고로 예수 그리스도의 신성에 관한 이단설들을 받아들였다고 비판했다.

단테는 그를 지옥의 6번째 옥(獄)에서 이단자들 틈에 있는 것으로 묘사했다(〈지옥편〉XI, 8).