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낭종이란 액체나 반고체의 물질이 차 있는 폐쇄된 주머니 또는 작은 방을 말한다. 신장에는 여러 종류의 낭종이 생긴다. 고립성낭종은 액체로 차 있으며 부분적으로는 혈액으로 차 있는 경우도 있다. 크기는 다양하며, 선천적으로 생기기도 하고 세뇨관이 막혀서 생기기도 한다.

낭종의 크기가 큰 경우에는 허리가 아프고 묵직한 느낌이 든다. 신장의 혈관에 질병이 있는 경우에는 혈관이 확장되어 무수히 많은 작은 낭종이 생긴다. 신장으로 가는 림프관이 막힌 경우에도 낭종이 생기는데, 이렇게 생긴 낭종은 일반적으로 작고 주위 혈관을 누르기 전에는 비교적 해롭지 않다. 촌충에 의해서도 낭종이 생기는데 이때는 통증·배뇨장애·혈뇨 등의 증상과 함께 소변에 촌충의 알과 토막이 나온다. 종양일 가능성도 있으므로 외과적인 진찰을 해 제거한다.

한편 다낭성신장병은 한쪽 또는 양쪽의 신장에 큰 낭종이 여러 개 생기는 선천성 질환이다. 역시 선천적인 질환으로 생각되는 수질낭포병은 신장에서 소변을 만드는 기본 단위인 네프론으로부터 소변을 운반하는 작은 집합세관에 여러 개의 낭종이 형성되는 질병이다. 이 병은 일반적으로 특별한 증상은 없으나, 병에 걸린 사람은 빈혈이 생기고 혈액 내 염분의 농도가 낮아지며 질소화합물의 농도가 높아진다. 신장은 수축되고, 표면이 과립상으로 변하면서 작은 낭종이 많이 생기며 넓은 부위에 걸쳐 반흔조직이 생겨난다. 청소년기·청년기에 가장 많이 발생한다.→ 비뇨생식기기형