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이 반란의 실패로 17세기 일본에서 그리스도교 운동은 사실상 종결되었으며 일본 정부가 외국의 영향력으로부터 스스로를 더욱 고립시키는 결과를 가져왔다. 이 반란은 시마바라 반도와 아마쿠사 열도[天草列島]의 지방관리들의 횡포와 과중한 징세에 대한 불만에서 비롯되었다. 시마바라 인근지역의 대다수 농민들은 포르투갈과 스페인 선교사들에 의해 가톨릭교도가 된 상황이었기 때문에 이 반란은 이내 종교적 성격을 띠게 되었다.

상당수 로닌[浪人 : 자신들의 주군이 재산을 빼앗긴 무사]들의 도움을 받아 반란자들은 매우 열심히 싸웠으며 정부측은 10만의 병력으로도 반란을 진압하지 못했다. 정부는 반란자들의 요새를 쳐부수기 위해 네덜란드 포함을 끌어들여야 했다. 이 사건 이후 정부는 그리스도교 교리와 종교활동을 전면적으로 억압하는 조치를 강력히 시행했다.