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스펜서는 잠시 예술을 전공했으나 옥스퍼드대학교의 오웬스 칼리지에 진학했으며, 1881년 엑서터 칼리지에 입학해 1884년 자연과학 분야의 수석 졸업생으로 학위를 받았다. 1887년에 멜버른대학교의 생물학교수가 되었다. 스펜서는 1894년 혼 과학탐험대에 참여해 중앙 오스트레일리아를 탐험하는 과정에서 그때까지 독립적으로 토착민에 관한 연구를 하고 있던 프랜시스 제임스 길런을 만나게 되면서 인류학에 대해 관심을 갖기 시작했다. 1896년 스펜서와 길런은 공동연구를 시작하여 그결과 〈중앙 오스트레일리아의 원주민 부족 The Native Tribes of Central Australia〉(1899)을 발간했다. 원주민들과 친밀하게 지내고 그들의 신뢰를 확보함으로써 이들은 원주민의 관습·의식·신념 등에 관한 방대한 양의 자료를 축적하게 되었다. 1904년 이들은 카펀테리아 만을 여행하면서 식물채집과 수렵생활을 하는 반유목민들의 일상적인 경제·사회 활동과 의식에 관한 생생한 자료를 수집해 〈중앙 오스트레일리아의 북부 부족 The Northern Tribes of Central Australia〉을 출간했다. 스펜서는 토착민의 사회조직이 인류발달의 초기단계를 보여준다고 믿었다. 1901년 스펜서는 왕립학회 회원이 되었으며 1916년 기사작위를 받았다. 그는 또한 그의 초기 견해를 반복하고 확증한 〈아룬타 : 석기시대 인간에 관한 연구 The Arunta : A Study of the Stone Age People〉(1927), 자신의 경험을 알기 쉽게 풀어 쓴 〈오스트레일리아의 광야를 헤치며 Wandering in the Wilds of Australia〉(1928) 등을 출간했다. 그는 우수아이아 최후의 인디언을 연구하기 위해 티에라델푸에고에서 탐험하던 중 죽었다.