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고고학 분야에서 슐리만이 이룩한 발굴 업적을 평가하는 것은 쉬운 일이다. 그는 호메로스의 트로이뿐 아니라 호메로스보다 훨씬 이전 시대의 도시, 즉 선사시대 투르크의 청동기 문명을 발견했고 미케네에서도 같은 시기의 문명을 발견했다. 그때까지 고대사가들은 그리스·로마·이집트와 바빌로니아-아시리아라는 4개의 제국만을 알고 있었으나, 슐리만은 새로운 두 문명을 발견하여 역사의 지평을 크게 넓혔다. 또 그는 제3의 문명, 즉 선사시대 크레타 문명의 대부분을 발견했다.

오래 전부터 슐리만은 지중해 지역에 미케네나 히사를리크의 청동기 문화보다 앞선 크레타 섬의 문명이 있을지도 모른다고 추측하여 한때 크레타 발굴을 계획했으나 높은 땅값 때문에 조사할 수 없었다. 그래서 미케네 이전에 꽃핀 크레타 섬의 미노아 문명은 슐리만이 죽은 10년 뒤 아서 에번스 경에 의해 발견되었다.

슐리만은 처음으로 고고학을 대중화한 사람으로 꼽힌다. 저서들과 〈타임스 The Times〉·〈데일리 텔레그래프 Daily Telegraph〉 등의 신문에 보낸 급보를 통해 그는 자신의 고고학 발굴을 전세계에 알렸고, 관심을 불러일으켰다. 이는 이전의 어느 누구도 할 수 없던 일이었으며, "교양과 학식이 있는 사람이라면 누구나 트로이 발견의 드라마에 휩싸여 살았다"고 말할 정도였다. 슐리만은 19세기 후반에 이룩된 새로운 고고학 학풍의 상징일 뿐 아니라 고고학의 낭만과 흥분의 상징이기도 했다. 학자들과 일반 대중은 슐리만에게 자극을 받았으며 옥스퍼드대학교 캠던좌(座) 고대사 교수인 존 마이어스 경은 슐리만이 죽었을 때 "많은 사람들이 사계절에서 봄이 사라져버린 것처럼 느꼈다"고 말했다.

슐리만이 발굴을 시작할 때만 해도 고고학 야외조사에 대한 일반화한 방법이 없었다. 플린더스 피트리 경과 오거스터스 피트 리버스와 같이 그는 발굴방법의 선구자였다. 그때까지 층위는 덴마크의 이탄 유적, 유틀란트 반도의 무덤, 스위스 선사시대의 호상 주거지 등에서 관찰되고 이해되었지만, 히사를리크야말로 지상의 인간이 만든 마운드 중 최초로 발굴된 대규모 유적이었다. 그러므로 슐리만은 자신이 발견한 것에 대해 처음에는 당혹해 했지만, 결국 되르펠트의 도움을 받아 층위 문제를 해결할 수 있었다.

발굴자로서 슐리만의 발굴기법에 대해서는 여러 가지 평가가 내려졌다. 1870년대 발굴을 시작한 사람으로서 그의 작업은 탁월한 것이었지만 100년 뒤 중동에서 그와 비슷한 마운드를 발굴한 사람들은 그의 방식이 잘못되었다고 부당하게 그를 비판하기도 했다.