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임성주는 이에 '이기동실'(理氣同實), '심성일치'(心性一致)를 주장하며 "만리(萬理)는 만상(萬象)이고 오상은 오행이며 건순(健順)은 양의, 태극은 원기이니 모두 기(氣)에 바탕하여 이름지은 것"이라고 했다. 또 "기가 하나가 아니면 이(理)도 하나일 수 없으므로 이일분수(理一分殊)도 이는 같고 기는 다르다는 뜻이 아니라 다만 이를 위주로 말함이니 분(分)자도 당연히 이에 속해야 하며, 만약 기를 위주로 말한다면 기일분수(氣一分殊)라고 하여도 불가할 것이 없다"고 했다.

임성주의 입장을 따르자면 우주에는 하나의 기가 있을 뿐이다. 기라는 것은 시종(始終)도 내외도 제한도 없이 가득 차 있는, 보편타당한 실재(實在)로서 허다한 조화와 수많은 사람과 사물들이 모두 기가 낸 것이다. 그러므로 심도 본래 기이고 성(性)도 기가 된다. 그는 이를 기 가운데 깃들어 기의 작용을 따라서 발현하는 것으로 이해했기 때문에 모든 현상을 기의 작용으로 설명했다.

그리고 "성이 바로 기이고, 기가 바로 성"(性卽氣 氣卽性)이라는 견해에 입각하여 성을 본연지성(本然之性)과 기질지성으로 구별하여 성인과 보통사람을 본성으로부터 선천적으로 차별지은 주자학적 견해를 반대했다. 그가 주장한 "태극은 원래 기이다", "성도 기이다"라는 학설은 한국 유학사상 독특한 위치를 갖는다.