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선원에서의 수행은 좌선을 중시하기 때문에 좌선방이라고도 한다. 한국의 불교에서는 강원과 함께 전통적인 승려 교육기관으로서의 의미를 지닌다. 원칙적으로는 일정한 교육기간이 정해져 있지 않고, 강원 수료자가 들어가 자율적으로 수행하는 높은 단계의 평생교육기관이다.

대승과 소승의 율(律)을 가르치기도 했다. 수행이 자율적인 대신 그 규율은 엄격하여 파계나 나태한 행위는 일절 금지되며 대중이 규약한 규칙을 엄하게 지키는데, 이를 대중청규라 한다. 선원의 전통적인 수행방법은 스스로 진리를 탐구하는 것이며, 초하루와 보름에 삭발식과 함께 조실의 설법을 듣는다. 참구하는 도중 의심이 생기면 방장실에 들어가 질문하여 의심을 푼다. 보통 화두를 들든지 아무 생각 없이 침묵하는 묵조선을 행한다.

정기적으로 일정한 기간 동안 단체로 수행하는 안거의 마지막 1개월은 보통 용맹정진이라 하여 절대 눕지 않는 수행으로 결제를 마친다.

한국의 불교는 선원에서의 수행 정도에 따라 법계가 승진되는 등 선원에 큰 비중을 두어왔으나, 과거의 원칙과 전통이 그대로 고수되지는 않고 있다.