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빈대학교는 1365년에 파리대학교를 본떠서 세워졌다. 오스트리아 합스부르크가(家)의 공작인 루돌프 4세로부터 첫 인가를 받았는데, 독일 왕 카를 4세가 1347년 프라하대학교를 설립했기에, 경쟁적으로 이 대학 설립을 인가하게 된 것이었다. 루돌프의 형제이며 후계자인 알베르트 3세는 1383년 재정을 늘리고 교육과정도 확대시켰으며 지역적으로도 다양하게 학생들을 받아들여 학교체제를 재정비했다. 이러한 조처들로 인해 빈대학교는 동부 독일어권 지역에서 최고 수준의 대학으로 성장하게 되었다. 빈대학교는 1848년 혁명의 중심지였으며 1850년 중대한 개혁들을 단행했다. 교수와 학생들에게 많은 자유를 허용했으며 세미나 방식의 수업을 도입하고 선택과목을 늘렸다. 1878년 제한된 원칙하에 철학(교양과목)학부에 여학생의 입학이 허용되었는데, 그 제한은 11년이 지나서 많이 없어졌다. 1900년에 의학부, 1919년에는 법학부가 남녀공학이 되었다.

2016년 현재 이 대학에는 아프리카학, 고대사·고전연구학, 천문학, 생물학, 화학, 고전고고학, 컴퓨터과학, 교육학, 경제학, 영어·미국학, 역사, 건축미술사, 일본학, 한국학, 약학, 철학, 심리학, 개신교신학, 종교교육학, 스포츠과학, 언어학, 스칸디나비아학과, 가톨릭신학, 법학 등의 학과가 개설되어 있다. 빈대학교의 캠퍼스는 따로 정해져 있지 않고 대학 건물이 빈 전역에 분산되어 있다. 대학 도서관은 중앙 도서관 외에 50여 개의 학과 도서관을 갖추고 있다.

빈대학교 출신 동문으로는 정신분석학의 창시자 지그문트 프로이트를 비롯하여 노벨의학상 수상사 로베리트 바라니, 노벨물리학상 수상자 에르빈 슈뢰딩거, 물리학자 루트비히 볼츠먼, 철학자 카를 포퍼, 정신분석학자 알프레드 아들러 등이 있다.