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부검하는 절차 자체는 20세기 동안 거의 변하지 않았다. 첫번째 단계는 어떤 이상이나 외상이 있는지 외관을 육안으로 살피고 그 내부와 장기에 대해 자세히 기술하는 것이며, 그뒤에 세포와 조직의 현미경 검사를 포함한 더 자세한 검사를 시행하는 것이 보통이다. 해부를 하는 주된 절개선도 변하지 않았다.

몸통에 대해서는 Y형의 절개를 한다. 'Y'형의 양쪽 가지는 겨드랑이나 어깨 바깥쪽에서 시작해 유방의 아래쪽을 지나 몸통의 중앙에 있는 흉골(胸骨)의 끝에서 만난다. 이 접점에서 절개를 계속해 하복부를 지나 외음부의 사타구니에 이를 때까지 시행한다. 여기서부터는 2가지 다른 방법이 있다. 1가지 방법은 각각의 장기를 분리해 떼어낸 뒤 절개와 실험을 하는 것이고, 다른 하나는 일괄처리법이라는 방법인데, 이것은 흉부(胸部)의 모든 장기를 한꺼번에 떼어내고 복부의 장기를 다른 덩어리로 떼어내 검사하는 것이다. 목과 머리, 그리고 팔 쪽으로 가는 큰 혈관은 결찰(結紮：묶는 것)하고 장기들을 한 묶음으로 떼어내 박리한다. 목에 있는 장기들은 제자리에 두고 검사하거나 아래쪽에서부터 떼어낸다. 그뒤 해부를 진행하는데, 외견상 특별한 이상이 없는 한 등쪽에서부터 시행한다. 대개 장기는 그룹별로 같이 떼어내 검사하며 이들의 기능적인 관계에 손상이 있는지를 결정하게 된다. 뇌는 그 자리에 둔 채로 검사한 뒤 연결부위를 떼고 통째로 들어낸다. 척수도 떼어낼 수 있다.

다음으로는 각 장기의 겉 모양과 단면을 검사하고 동맥·림프관·근막·섬유조직을 포함한 혈관구조와 신경을 검사한다. 배양과 화학분석, 그리고 다른 검사들을 위해 검체를 채취한다. 이러한 과정을 마치고 나면 모든 장기들을 즉시 원상태로 돌려놓고 절개선을 조심스럽게 봉합한다.

시체는 적당하게 복구시키고 나면 부검에 따른 보기 흉한 흔적이 남지 않아야 된다.

육안에 의한 검사가 끝나고 나면 상반된 소견들을 대조해 균형을 맞춘 뒤 병적인 소견을 열거하여 정리하는데, 이 목록은 잠정적인 해부학적 진단이 된다. 이 진단들을 비슷한 것끼리 모아 중요한 것부터, 그리고 사건의 순서에 따라 배열한다. 이 목록을 정확히 작성하기 위해 때로는 간단한 현미경 검사를 하기도 한다.

마지막으로 그것이 아니었다면 사망하지 않았을 병변, 즉 사인(死因)을 기록한다. 부검은 법적인 문제가 있는 경우뿐만 아니라 법적인 필요가 없는 경우에도 중요한 것이다. 조직학적·화학적·독물학적·세균학적 검사 그리고 바이러스 검사를 모두 완료하고 나서 앞서 내린 잠정적인 해부학적 진단상의 오류를 바로잡아 최종적인 해부학적 진단과 사망 원인을 기록한다. 부검의 내용과 임상적 양상을 연관시켜 서술한 '임상·병리 관계'에 결론을 기록하게 된다.