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1116년(예종 11) 궁궐 안에 청연각(淸讌閣)을 짓고, 문신 중에 유능한 사람으로 학사·직학사(直學士)·직각(直閣) 등을 각 1명씩 뽑아 아침저녁으로 경서를 강론하고 시부를 짓게 했다. 또 교감 4명을 두었는데 그중 2명을 어서원의 교감으로 충당시키고 2명은 직사관(職事官)에게 겸임시켰다. 얼마 뒤 청연각이 궁중에 있기 때문에 학사의 출입과 숙직이 불편하다고 하여, 그해 11월 옆에다가 따로 각(閣)을 설치하고 관호를 보문각이라 했다.

거기에 대제를 더 두어 종4품관으로 했으며 부속기관으로 정의당(精義堂)을 지어 학사들이 모여 강론하게 했다. 또한 제거(堤擧)·동제거(同堤擧)·관구·동관구(同管句)의 관직을 두어 중추원과 내신이 겸직하게 했고 뒤에 대학사 1명을 더 두었다. 또 1151년(의종 5)에는 부속기관으로 문첩소를 설치했다.

소장품은 역대왕의 조서와 송나라 황제의 어제조칙이었으며 청연각의 장서도 옮겨진 것으로 보인다. 그 뒤 충렬왕 이후 관호개칭이 반복됨과 동시에 소속관원 이름도 함께 바뀌었는데, 이때부터 보문각의 원래 기능을 상실했다.

1275년(충렬왕 1)에 보문서(寶文署)로 개칭했으며, 1298년 동문원(同文院)에 병합되었다가 1314년(충숙왕 1)에 다시 보문각으로 되었다. 이때 관원으로 종2품의 대제학, 정3품의 제학, 정4품의 직제학을 두었다.

1356년(공민왕 5)에 대제학을 대학사로, 제학을 없애고 직제학을 직학사로 고치고 정5품의 대제를 두었다. 그러나 1362년에 1314년의 관제로 복구되었고 거기에 정4품의 직각을 새로 두었다. 1369년에는 다시 제학을 학사로 고치고 직각을 없애면서 정5품의 응교(應敎)를 두었다. 1372년에는 다시 1362년의 관제로 복구되었다. 조선시대에는 1420년(세종 2) 수문전(修文殿)·집현전 등과 합해져 집현전으로 통합되었다.