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페르투사토 곶 바로 서쪽으로 코르시카 섬의 최남단에 있다. 사르데냐 섬 북쪽 끝과 코르시카 섬 사이에 놓인 보니파시오 해협(너비 12㎞)에서 그 이름을 따왔다. 이 도시가 자리잡은 1.6㎞ 길이의 좁은 석회암 반도는 해안과 평행을 이루고 있으며 천연 항구가 형성되어 있다.

828년경 해적들의 침입을 막으려는 목적으로 피사인들이 건설한 것을 12세기말에 제노바인이 빼앗았다. 이곳 주민들이 제노바 방언을 사용하고 '피의 복수' 같은 코르시카 관습을 받아들이는 것을 거부했던 까닭에 아직도 제노바 전통이 남아 있다.

섬의 다른 지역과 철도로 연결되어 있지 않은 보나파시오는 사르데냐 섬과 바다를 통해 곡물·포도주·코르크를 교역한다.