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농어촌보건의료를 위한 특별조치법에 근거해 의사가 배치되어 있지 않고 계속해서 의사의 배치가 곤란할 것으로 예상되는 의료취약지역 안에서 간호사·조산사, 기타 대통령령으로 정하는 자격을 가진 자로서 보건복지부장관이 실시하는 이론교육과정 8주, 임상실습과정 12주, 현지실습과정 4주로 이루어진 총 24주간의 직무교육을 받은 보건진료 전담공무원으로 하여금 의료행위를 하도록 한다.

보건진료 전담공무원은 의료법 제25조의 무면허 의료행위 금지 규정에도 불구하고 근무지역으로 지정받은 의료취약지역 안에서 보건복지부장관이 정하는 환자진료지침에 의해 ① 상병상태를 판별하기 위한 진찰·검사 행위, ② 환자의 이송, ③ 외상 등 흔히 볼 수 있는 환자의 치료 및 응급을 요하는 환자에 대한 응급처치, ④ 상병의 악화 방지를 위한 처치, ⑤ 만성병환자의 요양지도 및 관리, ⑥ 정상분만시의 개조 및 가족계획을 위한 피임기구의 삽입, ⑦ 예방접종, ⑧ 이상의 의료행위에 따르는 의약품 투여 및 경미한 의료행위 등을 할 수 있다.

또한 보건소장이나 보건지소장의 지도·감독을 받아 ① 환경위생 및 영양개선에 관한 업무, ② 질병예방에 관한 업무, ③ 가족계획을 포함한 모자보건에 관한 업무, ④ 주민의 건강에 관한 업무를 담당하는 자에 대한 교육 및 지도에 관한 업무, ⑤ 기타 주민의 보건의료증진에 관한 업무 등을 수행한다.

보건진료소의 운영을 원활히 하기 위하여 보건진료소가 설치되어 있는 지역마다 주민으로 구성되는 보건진료소 운영협의회를 두고 있다. 보건진료소는 업무에 관하여 군수의 지도·감독을 받으며 설치와 운영에 필요한 비용의 일부를 국고와 도에서 보조받도록 되어 있다. 20174년 기준 전국에는 1,905개의 보건진료소와 1,332개의 보건지소가 설치되어 있으며, 1,796명의 보건진료 공무원이 배치되어 있다.