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베이징대학교는 1898년에 설립된 경사대학당에서 시작되었다. 1911년 신해혁명이 일어난 후, 1912년 베이징대학교로 명칭이 바뀌었다. 1952년 칭화대학교[淸華大學校]의 인문부·사회과학부를 병합하여 재조직했다. 문화대혁명(1966~76) 기간 중 논쟁의 중심지였으며 논쟁이 격렬해지자 3년 동안 휴교조치가 내려지기도 했다. 1970년 휴교령이 폐지되었고 교육과정은 실천적 경험과 노동을 강조하는 방향으로 개정되었다. 입학은 2년 동안 농촌이나 공장에서 노동에 참여하여 현장 동료의 추천을 받은 사람에 한해서, 입학시험 성적에 따라 허락되었다. 입학시험은 폭넓은 노동경험으로 대치될 수도 있었다.

1970년대 후반 중국의 지도부가 문화대혁명을 비판하면서 교육의 경향도 바뀌기 시작했다. 비록 노동연구 프로그램이 대학 내에서 완전히 사라지지는 않았지만 기초연구가 다시 강조되었으며, 학문적 능력이 탁월한 학생은 중등교육을 마친 후 바로 대학에 입학할 수 있게 되었다. 1978년 문화대혁명 이후 최초로 표준화된 전국 대학입학고사가 실시되었다. 모든 베이징대학교 학생들은 기숙사에서 생활하며 정부로부터 식비 보조를 받는다. 수업료·전공서적·학용품·의료후생시설 등은 모두 무료이다.

베이징대학교는 2015년 영국의 대학평가기관 QS(Quacquarelli Symonds)가 발표한 세계 대학 순위에서 41위, 영국 일간지 <타임스 The Times>가 실시하는 THE(Times Higer Education) 세계 대학 순위에서 42위로 선정되었다.

2016년 현재 인문학부·사회과학부·이학부·정보공학부·의학부 등 5개 학부로 구성되어 있다. 41개 단과대학에는 101개의 학사 전공과정, 258개의 석사 전공과정, 228개의 박사 전공과정이 있다. 부속 기관으로는 국가급 중점실험실 12개, 성급 중점 실험실 46개, 국가 공학연구센터 2개, 부설병원 8개가 있다. 베이징대학교의 도서관은 아시아 최대 규모를 자랑하며 600만 여권의 장서를 보유하고 있다.

특히 기초학문이 우수한 것으로 알려져 있으며, 최근에는 응용학문과 첨단과학 분야에서도 많은 발전을 이루었다. 중국의 오랜 전통과 문화를 중시하는 베이징대학교 캠퍼스에는 중국 전통식 건물들이 많이 보존되어 있다. 중국의 유명한 정치가, 혁명가, 작가 등을 많이 배출했다. 주요 동문으로는 현 중국 총리 리커창, 중국의 검색엔진 바이두 CEO 리옌훙, 철학자 펑유란, 충칭시 당서기 보시라이, 소설가 마오둔 등이 있다.