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클레오파트라 여왕의 언니로 BC 58~55년 프톨레마이오스 12세가 이집트에 없는 동안 이집트를 통치했다. 그후 이집트로 돌아온 아버지에게 처형당했다.

프톨레마이오스는 BC 58년 시민 봉기가 일어나려 하자 이집트에서 도망쳐 로마로 갔다. 그가 이집트를 떠난 직후 왕비가 죽자 베레니케가 여왕에 추대되었다. BC 57년 프톨레마이오스는 뇌물과 술수를 동원해 로마 제국을 매수해 이집트로 돌아가 복위하려 했다. 그러나 알렉산드리아인들은 이에 맞서 그들에 대한 프톨레마이오스의 비난을 반박하고 그의 실정(失政)을 보고하기 위해 대표단을 로마에 파견했다.

프톨레마이오스는 이 대표단 일행과 자신을 의심하던 몇몇 로마인까지 살해한 후 BC 57년말 소아시아에 있는 에페소스로 갔다. 다른 일이 터져 로마에서 그 사건이 잊혀지는 동안 프톨레마이오스는 로마의 시리아 속주총독 아울루스 가비니우스의 지원을 얻어내게 되었다. 한편 알렉산드리아인들은 베레니케와 짝지을 왕자를 물색했다. BC 56년 베레니케는 폰투스 왕국의 왕자라고 전해지는 아르켈라우스와 결혼했다. 그러나 가비니우스는 알렉산드리아를 침공해 이듬해 프톨레마이오스를 복위시켰다. 프톨레마이오스는 즉시 베레니케와 그녀의 지지자들을 처형했다.