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성 아가토와 성 레오 2세가 교황으로 있을 때 교회 정치에 참여했고, 레오 2세를 이어 교황에 선출되었다(683). 그의 교황 축성(684. 6. 26)은 비잔티움 황제 콘스탄티누스 4세 포고나투스의 재가를 받을 때까지 유예되었기 때문에 로마의 주교관구는 거의 1년이나 비어 있었다.

베네딕토는 성직자 및 로마 시민들에 의한 교황 선출과 그리스도교인 황제의 승인 사이의 시간 간격을 없애려고 했으며, 콘스탄티누스에게 앞으로 있을 교황 선출에서는 황제의 동의가 필요없다는 칙령을 내리도록 설득했다. 콘스탄티누스는 그러한 내용의 칙령을 내렸지만, 그 이후에도 황제가 재가를 내리는 일이 발생했다. 베네딕토는 대주교 발프리도가 요크의 주교관구를 되찾지 못하도록 한 아가토의 조치를 확인했다. 베네딕토는 재위기간중에 여러 로마 성당들을 복원했다.