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1743년 벤저민 프랭클린의 주도로 창설되었다. 20세기 후반에는 수학·물리학·지질학, 생물학, 사회과학, 인문과학의 4분야 모두에서 학문적·과학적 업적을 기준으로 뽑은 회원수가 650명이 넘었다. 본부는 펜실베이니아 주 필라델피아에 있다.

프랭클린은 21세 때인 1727년 필라델피아에서 청년 단체를 만들었다. 가죽 앞치마 클럽이라고 불린 이 단체는 실험과 탐구에 관심을 가졌고 이러한 관심에서 결국 프랭클린은 〈미국으로 이주한 영국인들 사이에 유용한 지식을 증진하기 위한 한 제안 A Proposal for Promoting Useful Knowledge Among the British Plantations in America〉(1743)을 발표했다. 이 제안은 매우 호의적으로 받아들여져 토머스 홉킨스(1709~51)를 회장으로 하고 프랭클린을 간사로 하는 미국철학회가 조직되었다.

1769년 미국철학회는 프랭클린에 의해 창설된 또다른 학회인 미국학회(American Society)와 통합했다. 프랭클린은 초대 회장으로 선출되어 1790년 죽을 때까지 회장으로 재직했다. 1780년에 학회는 법인이 되었다. 천문학자 데이비드 리텐하우스가 2대 회장, 토머스 제퍼슨이 3대 회장이었다. 미국철학회는 필라델피아 독립기념공원 안에 철학관과 도서관을 차지하고 있다. 철학관은 1787~89년에 지은 것이며 도서관은 필라델피아의 라이브러리컴퍼니(1798)가 원래 자리잡은 건물을 그대로 본떠 만든 것이다.

도서관과 열람실은 거의 600만 항목의 풍부한 사본과 미국의 과학·문화에 관한 저서를 소장하고 있다. 학회의 간행물로는 〈연구논문집 Memoirs〉·〈의사록 Proceedings〉·〈회보 Transactions〉·〈연보 Year Book〉 등이 있다.