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처음에는 스페인으로부터, 나중에는 미국으로부터 푸에르토리코의 독립을 쟁취하기 위해 일생을 바쳤다.

1889년 신문 〈민주주의 La Democracia〉를 발간하여 스페인의 지배로부터 푸에르토리코의 자유회복을 주창했다.

자치주의당의 지도자가 되었으며, 1897년 스페인으로부터 푸에르토리코의 내정자치헌장을 얻어내는 데 큰 역할을 했다. 곧 내무부장관이 되었고, 자치내각의 초대 대통령이 되었다. 1899년 미국에 의해 푸에르토리코의 짧은 내정자치가 막을 내리자 사임했다. 그는 남은 생을 주로 미국에서 보내면서 계속 푸에르토리코의 독립을 주창했다. 뉴욕에서 잡지를 발간하여 북아메리카인들에게 푸에르토리코의 곤경을 알리는 작업을 했다.

1910년 워싱턴 D. C. 주재 푸에르토리코의 대사로 취임했으나, 혼신의 힘을 기울여 추진한 존스 법안이 통과되기 직전에 죽었다. 그 법안은 푸에르토리코의 자치정부를 허용한다는 내용을 담은 것이다. 아들 루이스 무뇨스 마린은 1949~65년에 푸에르토리코의 지사를 지냈다.