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매독성수막뇌염이나 진행성마비를 인위적으로 유도한 말라리아로 치료함으로써 최초로 쇼크 요법을 시행했다. 이 방법으로 과거에는 치료할 수 없던 치명적인 질병을 의학적으로 통제할 수 있게 되었고, 이로 인해 그는 1927년 노벨 생리학·의학상을 수상했다.

빈대학교에서 정신과에 근무하는 동안(1883~89) 바그너 야우레크는 일정한 신경질환에 걸린 사람이 열병을 앓고 난 후 증세가 현저하게 호전된다는 데 주목하고, 정신병 환자를 치료하는 한 방법으로 일부러 이러한 열병에 걸리게 해야 한다고 제창했다. 특히 말라리아를 추천했는데 그 이유는 말라리아가 키니네로 치료가 가능하기 때문이다.

오스트리아의 그라츠대학교에서 정신의학과 신경학 교수로 있는 동안(1889~93) 그는 결핵균의 추출물을 주사하여 정신병 환자에게 열병을 일으키려고 시도했지만 그다지 성공하지는 못했다. 1917년에 그는 빈대학교에서 같은 직책을 맡으면서 그 대학의 신경·정신병원을 관리했는데(1893~1928), 이곳에서 바그너 야우레크는 부전마비(不全痲痺 paresis)환자에게 말라리아를 일으켜 극적인 성공을 거둘 수 있었다. 정신질환에 대한 말라리아 치료법은 나중에 대개 항생제 투여로 대체되기는 했지만, 그의 연구로 정신질환 치료에 필요한 발열요법과 쇼크 요법이 개발되었다. 그는 크레틴병을 비롯한 기타 갑상선질환의 권위자로도 유명했다.