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앙골라와 나미비아(옛 이름은 남서아프리카)의 국경에서부터 대서양 해안을 따라 북쪽으로 450㎞ 가량 펼쳐지며 나미브 사막의 최북단 지역을 이룬다. 서쪽으로 대서양에 면해 있는 이 사막은 동쪽으로 가면서 점차 높아지다가 가파른 세라데셸라 단애와 접한 반건조 평원(아카시아와 아프리카흑단이 많음)과 만난다.

모사메데스 사막은 여기저기에 사구가 흩어져 있는 자갈 평원과 바위 대지로 되어 있으며, 근해의 차가운 벵겔라 해류로 인해 안개가 잦고 비교적 쌀쌀하다.

사막 중앙부에 있는 나미베(옛 이름은 모사메데스) 시는 연강우량이 50㎜도 채 안 된다. 해안지대의 작은 어촌들과 철광석을 수출하는 나미베를 빼고는 사막에 사람이 살지 않는다.

이 사막에 서식하는 특이한 웰위치아 미라빌리스는 2개의 거대한 잎이 땅 표면에 퍼지는 희귀한 식물이다.