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문학적인 역량, 명석한 사고, 우아한 문체 때문에 수많은 회의에서 종교개혁 대변인 및 프로테스탄트 대표자가 되었다. 성찬, 회심에서의 인간의 역할, 선행의 역할에 관한 루터의 입장을 점차 수정했지만 루터와 완전히 갈라선 적은 없었다.

1530년까지 성찬에 대해 루터와 같은 견해를 가지고 있었으나, 그 이전인 1529년부터 루터와 달라지기 시작해 1540년 아우크스부르크 신앙고백 제10항은 칼뱅의 성찬 견해와 비슷했다. 그는 또한 회심에서 인간의 역할이 있음을 믿게 되었다. 처음에는 루터의 핵심사상인 은총교리를 따라 자유의지를 부정하는 듯했으며, 숙명론에 가까운 아우구스티누스의 불가항력적인 은총교리를 주장했다. 그러나 〈골로사이인들에게 보낸 편지 주석 Commentary on Colossians〉(1527)에는 예정설에 대한 반대가 함축되어 있었고, 1532년 〈로마인들에게 보낸 편지 주석 Commentary on Romans〉에서는 하느님의 사랑을 받아들일지, 거부할지를 놓고 벌이는 인간의 투쟁을 이야기했다.

〈신학요론〉 1535년 판에서는 사람이 하느님의 구원을 선물로 받아들여야 하며, 따라서 사람은 자신의 운명에 대해 책임이 있다는 점을 지적했다. 이 견해는 〈영혼에 관하여 De Anima〉(1540)에서 명확하게 밝혔다. "하느님이 인도하지만 하느님은 사람이 원하는 대로 인도한다."

멜란히톤은 윤리학에 관심이 많았기 때문에 갈수록 선행을 신앙의 필연적인 열매로 강조했다. 루터는 믿음 자체를 성화(聖化)의 원칙으로 삼았으나 그는 율법에 더 많은 강조점을 두었다. 1528년 〈방문자들을 위한 지침서〉에서는 회개의 필요성을 가르치고, 신앙을 고취시키기 위해 율법의 경고를 전하라고 목사들에게 권고하자 율법 반대론자 요하네스 아그리콜라에게 반박을 받았다.

1535년판 〈신학요론〉에서는 선행이 영생을 얻는 데 필요하다고 주장함으로써 믿음으로 의롭게 되는 것과 선행이 신앙인의 근본이라고 주장했다. 공공질서를 중시해 더욱 율법과 도덕적 이상을 강조하게 되었으나, 믿음으로 구원을 얻으며 믿음에서 선행이 나오기 때문에 선행은 믿음의 '필수적인' 외적 표현이라는 종교개혁 입장을 가지고 있었다.