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15세기 끝무렵 포르투갈이 고아 지방을 식민지화한 이후 로마 가톨릭 교회와 연합했다. 이들은 자신들을 성 토마의 그리스도교인이라고 불렀으며, 약 6세기경부터 전통적으로 로마 교회와 같은 노선을 취하고 있었지만 포르투갈 사람들은 이들을 네스토리우스파(派)에 속한 이단이라고 생각했다.

말라바르 교회는 1599년 디암퍼 교회회의에서 교황의 권위를 공식적으로 인정했으나 포르투갈 사람들은 이들을 라틴 문화에 동화시키려고 했다. 이에 대한 반발로 말라바르 교회는 1653년 로마 교회와의 관계를 단절했다. 1661년 시리아의 주교 세바스티아니가 임명된 뒤에야 대부분의 분리파 말라바르 교회 신도들이 가톨릭 교회로 돌아왔으며, 나머지 교인들은 시리아 정교회(야곱파 교회)의 안티오크 총대주교구로 들어갔다.

1877년 말라바르 가톨릭 신도들은 라틴 전례를 따르는 인도 가톨릭 교회와는 별도로 행정관들을 배속받았으며, 1923년에는 그들 나름의 성직제도를 회복했고 동시리아어(語)로 예배를 드린다.