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신시내티대학교를 졸업하고(문학사, 1898), 히브리유니언 칼리지에서 공부한 뒤 1900년 랍비 임명을 받았다. 그뒤 독일로 유학 가서 1902년 하이델베르크대학교에서 철학박사학위를 받았고 미국으로 돌아와 1904년 브루클린의 '템플 이스라엘'(Temple Israel)이라는 개혁파 유대교 회당의 랍비가 되었다. 1905~08년 미국 시온주의자 연맹 서기를 지냈고, 1906년 뉴욕 시에 있는 개혁파 소속 에마뉴엘 회당의 설교 담당자가 되었다.

시온주의를 옹호하는 많은 연설과 설득력 있는 설교로 미국의 유대인들에게 존경을 받았고, 뉴욕 유대인들의 상호 이질적인 요소들을 통합하기 위해 '케힐라'(Qehilla：공동체)를 세웠으며, 그 산하기관인 유대인 교육부(1910~41)는 수십 년 간 큰 영향을 끼쳤다. 그러나 개혁파 유대교의 자유분방한 의식과 관습에 점차 불만을 느낀 끝에 1910년 에마뉴엘 회당에서 나와 정통파 유대교 회당 '템플 브나이 제슈룬'(Temple B'nai Jeshurun)의 설교 담당자가 되었다.

제1차 세계대전 동안 마그네스는 반전주의자였고, 시온주의 지도자들이 연합군을 지지하자 시온주의를 포기하고 '합동보급위원회'(Joint Distribution Committee)에 가입했는데, 이 단체는 시온주의자들과는 달리 팔레스타인 유대인들 사이에서 정치활동을 벌이기보다는 그곳 유대인들에 대한 구제를 강조했다. 전쟁이 끝나자 팔레스타인으로 가서 시온주의자들이 예루살렘에 히브리대학교를 세우기 위해 구성한 여러 위원회 가운데 한 모임에 참여했고, 곧 이 사업을 주도적으로 이끌었다. 기금을 모으고, 학사 계획을 세웠으며, 1925년 스코푸스 산에 이 대학교가 세워졌을 때 학장이 되었다가 1935년에 초대 총장이 되었는데, 훗날 뉴욕을 방문하던 도중 죽을 때까지 그 직위에 있었다.

또한 아랍인과 유대인의 화해를 증진시키기 위해 이 대학이 '이후드'(Iḥud：연합)라는 협회를 세웠고, 아랍 연맹의 일원이 되는 아랍-유대 연방국가 설립을 주장했다. '이후드'에서는 유명한 종교철학자 마르틴 부버와 함께 일했다.