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그의 내각은 드레퓌스 사건으로 인한 정치적·사회적 불안상태에 성공적으로 대처하지 못했다.

철학교수로 있다가 오트루아르 주 하원의원이 되었고(1885) 쥘 페리의 온건 공화파에 가담했다. 1892년 12월부터 1893년 4월까지 교육부장관을 지낸 뒤 자신의 내각을 조직했으나 11월말 사퇴했고 12월 5일 하원의장으로 선출되었다. 집무를 시작한 첫 주에 무정부주의자 오귀스트 바이앙의 폭탄세례를 받았으나 침착한 어조로 "의원 여러분, 토론은 계속됩니다"라고 대처함으로써 신망을 얻었다.

1894년 5월 총리 겸 내무장관으로 임명된 뒤퓌는 당시 대통령이었던 사디카르노가 그해 6월 리옹에서 암살될 때까지 대통령을 충실히 보필했다.

뒤퓌의 내각은 1895년 1월까지 직무를 수행했는데 그 기간에 육군 대위 알프레드 드레퓌스가 체포되어 2개월 뒤에는 유죄 판결을 받았다(1894. 12). 1898년 11월에 드레퓌스 사건이 마침내 대법원 항소심 법정에 이송되자 그는 내각을 공화파 일색으로 개편한 뒤 형사법원에서의 판결을 항소심 전원 합의부로 이송하는 특별법을 통과시켰다.

항소심 재판의 결과 드레퓌스의 사건을 야기시킨 문서는 F. W. 에스테르하지 소령이 날조한 것으로 판명되었으므로 새로운 군사재판이 행해져야 한다는 판결이 나왔다. 이에 격분한 드레퓌스 반대파들은 시위를 벌였고 오퇴이라는 곳에서 에밀 루베 대통령을 모욕하기까지 했다. 뒤퓌는 1899년 6월 12일 총리직에서 물러났으며, 1900년 6월부터 죽을 때까지 오트루아와르 주 상원의원을 지냈다.