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작고 색소체가 없으며, 자유생활을 하거나 기생한다. 편모는 대개 1~2개 있고, 보통 외피는 없다. 자유생활하는 것들은 위족이나 단순한 입을 이용하여 음식물을 먹는다. 기생생활하는 것들은 세포벽을 통해서 먹이를 흡수한다. 길이 방향으로 나뉘는 이분열(二分裂)을 통해서 생식을 하지만 다분열(多分裂)과 출아도 일어나며, 유성생식의 경우도 보고되어 있다.

동원핵편모충류는 난형이나 아메바형이고, 편모가 1~3개 있다. 이들은 오염된 물과 배설물에 살며, 사람과 동물의 장(腸)에서 발견되기도 한다. 입금편모충류(立襟鞭毛蟲類 choanoflagellate)는 동원핵편모충목과는 별개의 목으로 취급되기도 하는데, 먹이를 잡는 동정이 1개의 편모를 둘러싸고 있다.

보도속(―屬 Bodo) 동물들은 2~4개의 편모를 가지며 트리파노소마속의 종(種)들은 몸이 길고, 사람을 비롯한 많은 동물의 혈액에 기생한다. 또 레이시마니아속(Leishmania)에 속하는 것들은 척추동물에 기생하며 질병을 일으킨다.