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농약에 의한 중독이 실제로 문제가 된 것은 인제가 실용화되고부터이다.

유기 인제, 특히 파라티온은 매우 강한 독성이 있다. 그 때문에 중독 사고가 끊이지 않았으며 자살이나 타살에까지 이용되는 결과를 가져옴으로써 사회적 문제가 되었지만, 중독 사고를 완전히 막을 수는 없어 사용이 금지되었다. 최근에는 파라티온과 같은 독성이 강한 인제에서 말라티온·스미티온·바이지트와 같은 독성이 약한 인제 또는 카바메이트 화합물로 대체되고 있다.

잔류효과가 긴 농약에서는 작물에 잔류하는 약제를 섭취함으로써 일어나는 만성중독이 문제가 되고 있다. 유기 수은제가 쌀에 잔류하는 것이 명백한 사실로 확인됨으로써 논에서부터 시작하여 결국 전면적으로 금지되었다.

DDT(dichlorodiphenyltrichloroethane)나 BHC(benzene hexachloride)도 작물 중에 잔류하는데 그 작물을 함께 섭취하거나, 살포한 목초를 먹은 소의 젖을 식용함으로써 일어나는 인체 내 축적이 문제가 되었다. DDT나 BHC도 작물 내 잔류 허용량이 정해져 있으며 우리나라에서는 판매가 금지되어 있다.