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임오군란이 일어나자 청일 양국은 앞을 다투어 군대를 파견하는 등 이를 세력확장의 기회로 삼았다.

공사관을 철수당한 일본은 거류민 보호를 내세워 하나부사[花房義質] 공사에게 군함 4척, 육군 1개 대대를 주어 조선에 파견했다. 일본의 세력 확대를 두려워한 청의 양무파정권 역시 당시 톈진[天津]에 있던 영선사 김윤식, 어윤중의 출병 요청을 받자 즉시 4척의 군함과 약 3,000명의 군대를 파병했다. 약 이틀간의 전투 끝에 군란을 진압한 후 청나라는 조선에 대한 종주권을 확보함으로써 일본의 조선진출을 저지시키고자 대원군을 거세하고 민씨 정권을 다시 세우려고 했다.

7월 12일 한양에 입성한 청나라 장수 오장경·마건충(馬建忠)은 군사문제로 회담하고 있던 대원군에게 "오늘 밤 남양만에서 배를 타고 톈진에 가서 황제의 유지(諭旨)를 받아야 한다"고 말하고 강제로 보교에 태워 남양만으로 갔다. 7월 20일 대원군이 청나라에 도착하자 이홍장(李鴻章)은 임오군란 발생을 배후에서 조종한 것으로 그 책임을 힐난했고 곧이어 그를 보정부(保定府)로 옮겨 감금했다.

이와 같이 청나라가 대원군을 납치한 이유는 개항이후 일본의 조선진출이 독점적으로 이루어지고 있는 상황에서 반일의 거두인 대원군이 계속적으로 일본에 대해 강경하게 나갈 경우 일본을 자극하여 오히려 일본의 무력개입을 초래할지 모른다는 우려에서였고, 또한 조선에 대한 내정간섭을 보다 쉽게 하기 위해서는 민씨일파를 내세워 이용하는 것이 보다 효율적이기 때문이었다.

실제 대원군이 거세됨으로써 일본은 마건충의 주선에 따라 조선정부와 제물포조약을 체결하여 임오군란 주모자의 처벌, 배상금 지불, 공사관 경비를 위한 군대주둔을 인정받았다. 그리고 청의 조선에 대한 내정간섭은 날로 심해져 정치적 간섭뿐만 아니라 경제적 이권도 그들의 수중에 장악되어갔다. 위안스카이[袁世凱]가 지휘하는 군대가 주둔하여 조선군대를 훈련시켰으며, 마건상(馬建常)과 독일인 묄렌도르프 등을 정치 및 외교고문으로 보내어 관제와 군제를 개편했다.

또한 1882년 8월 조청상민수륙무역장정(朝淸商民水陸貿易章程)이 체결되어 청나라 상인의 내륙여행과 통상권이 규정됨으로써 청나라 상인이 조선의 상권을 독점하게 되었다. 특히 이 장정의 앞부분에서는 조선국왕과 청의 북양대신을 대등한 지위에 놓고, 영사재판권을 인정하고 있어 청에 대한 종속관계를 명시한 셈이었다.

이러한 청에 대한 종속관계를 배제하고 민씨정권을 타도하기 위해 1884년 개화파들이 갑신정변을 일으켰다. 개화파들이 발표한 신정강에서도 청에 대한 종속관계의 청산과 대원군의 귀국이 요구되고 있듯이, 당시 대원군 납치사건은 임오군란 이후 고양된 외세 특히 청나라에 대한 민중의 반감을 더욱 자극시킨 사건이었다. 개화파들은 비록 대원군이 쇄국정책을 단행하고 왕권강화 등 보수적인 정책을 취하여 노선상으로는 일치할 수가 없었지만, 청에 대한 종속관계를 청산하기 위해서라도 그의 귀환을 반드시 실현시켜야만 했던 것이다.

갑신정변이 3일간의 짧은 집권 후 실패로 끝나자 조선은 청일전쟁이 일어나기 전까지 10년간 청의 정치적·외교적 간섭을 받는 종속국의 처지로 남아 있을 수밖에 없었다. 대원군은 1885년 8월에 귀국하여 운현궁에 은거해 있다가 1894년 청일전쟁 후 갑오정권에 의해 일시적으로 추대되었다.