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16세기에 형성된 기호학파는 17세기에 새로운 양상으로 발전하게 된다.

이 시기 집권층의 과제는 양란의 피해를 복구하고, 신분제의 문란과 지주제의 전개에 따른 중세사회의 동요를 해결하여 국가를 재건하는 것이었다. 이런 추세에 맞추어 사상계에서는 주자의 사상과 경세론에 대한 비판이 이루어지기 시작한다. 양명학(陽明學)이 보다 널리 유입되고, 당시대의 문제를 해결하기 위한 각종의 경세론이 제기되었다. 이런 상황에서 주자학자들은 주자의 경세론을 사회대책으로 제기하며, 주자의 절대화(聖人化), 이단에 대한 철저한 배격, 강상윤리의 강화 등을 강조하게 되었다.

이때 기호학파 중에서도 소론계열인 윤선거(尹宣擧)·윤증(尹拯)·조성기(趙聖期)·임영(林泳)·박세채(朴世采) 등은 주자와 율곡의 학설에 대해 일정하게 비판적인 입장을 내세우게 된다.

이에 송시열을 중심으로 한 노론계열 인사들은 주자의 도통설(道通說)을 들고 나와, 정치적·학문적 주체로서 기호학파의 결속과 위상을 강화하기 위한 다각적인 작업을 벌이게 되었다. 이것은 양명학 등 이단에 대한 배척만이 아니라, 영남학파에 대한 기호학파의 우위성과 정통성을 확보하기 위한 작업도 포함한 것이었다.

여기에는 당시 집권 서인층의 위상이 동요하여 서인·남인의 집권이 반복되고, 서인이 노론과 소론으로 분열했던 정치적 상황이 개제되어 있다.

이들은 주자의 적통은 율곡에서 송시열로 이어진다는 점을 강조했다. 실제로 송시열의 이기개념은 율곡과 다른 점이 있었지만, 이들은 상기한 율곡의 기본개념이 주자의 정설에 근거한 것이며 그들의 학통이 주자의 적통임을 증명하기 위해 노력했다. 그 결과 나타난 것이 율곡의 문묘종사 운동과 일련의 주자 주석서의 편찬작업이었다.

율곡의 문묘종사운동은 1650년(효종 1)에 발의된 후 영남남인들과 격렬한 대립 끝에 1682년(숙종 8)에 실현되었다.

편찬작업은 다분히 영남학파의 앞선 업적을 의식한 것으로, 주리설에 대한 비판을 포함했다. 이 작업을 통해 이들은 기호학파의 인맥과 주류를 확정하고, 자신들의 사상체계를 완성하려 했다. 이는 송시열 계열의 제자들에 의해 18세기까지 지속되었다.

대표적인 저작들로는 〈주자대전차의 朱子大全箚疑〉·〈주자언론동이고 朱子言論同異攷〉·〈차의문목 箚疑問目〉·〈차의문목표보 箚疑問目標補〉·〈주서분류 朱書分類〉 등이 있다. 이중 〈주자언론동이고〉는 상기한 것처럼 서로 모순된 주자의 말을 해명하기 위한 작업으로 50년간 노력을 기울인 것이다.

여기서 이들은 '사단은 이의 발이고, 칠정은 기의 발이다'라는 말은 주자의 말이 아니라, 〈주자어류〉의 기록자 유한경(柳漢卿)의 오기라고 단정하여 기발만이 주자의 정설임을 강조했다.

1709년 한원진과 이간 사이에서 시작한 인물성동이논쟁(人物性同異論爭：湖洛論爭)을 계기로 기호학파는 호론(湖論)과 낙론(洛論)으로 크게 분열되었다.

호론은 호서지방의 학자들로 주로 권상하와 한원진·윤봉구의 제자들이 가담했고, 낙론은 서울 거주 학자들로 김창흡의 문인인 어유봉·이재·김원행·오희상(吳熙常)·홍직필(洪直弼)이 동조했다.

논쟁 자체는 주자학의 이론범주 내에서 진행되었고, 양자 모두 율곡의 대전제를 수용하는 입장이었다. 그럼에도 양측이 격렬하게 대립했던 것은 당시의 시대변화에 따라 인간세계의 원리만이 아니라 물질세계의 원리도 해명해야 하는 과제가 제기되었고 이 과정에서 주자학적 일원성과 통일성에 대한 회의가 정통 주자학의 세계에도 스며들었기 때문이라고 할 수 있다.

대체로 호론 계열은 정통주의를 주장하는 입장을 고수하며, 낙론에서는 도통에 대한 회의가 출현하는데 뒤에 이 계열에서 북학파가 등장하게 된다.

→ 사단칠정, 영남학파, 주기론, 주리론, 주자도통주의, 호락논쟁