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규슈대학은 1867년 찬생관(贊生館)에서 출발했다. 1903년 설치된 교토제국대학 제2의과대학(후쿠오카의과대학)과 신설된 공과대학을 합쳐 1911년에 설립한 규슈제국대학이 전신이다. 그뒤 1919년 의과대학이 의학부로 개편되었고, 농학부가 개설되었다. 1924년 법문학부, 1939 이학부를 증설했다. 제2차 세계대전 후 1947년 규슈대학으로 이름을 바꾸었다. 1949년 법문학부를 폐지하고 법학부·경제학부·문학부를 설치했으며, 학제 개혁에 따라 구학제의 후쿠오카 고등학교와 구루메 공업전문학교를 합쳐 현재에 이르고 있다.

1953년 문학·교육학·법학·경제학·이학·약학·공학·농학 등의 대학원을, 1955년 대학원 의학연구과를 설치했다. 2003년 규슈대학과 규슈예술공과대학을 통합하여 예술공학부, 대학원 예술공학연구원, 대학원예술공학부를 설치했다. 2005년부터 새 캠퍼스인 이토캠퍼스로의 이전이 추진되어, 2005년 물질과학공학과와 기계항공공학과의 이전을 시작으로 2006년 지구환경공학과와 시그템정보과학부가 이전했고, 2009년에는 롯폰마쓰캠퍼스가 이전했다. 규슈대학의 캠퍼스는 하코자키캠퍼스, 마이다시캠퍼스, 오하시캠퍼스, 이토캠퍼스, 치쿠시캠퍼스 등이 있다.

학부 과정은 문학부·교육학부·법학부·경제학부·이학부·의학부·치과학부·약학부·공학부·농학부·예술공학부 등 11개 학부와 21세기 프로그램 과정이 있다. 대학원 과정은 인문과학부·비교사회문화학부·인간환경과학부·법학부·경제학부·이학부·수리학부·시스템생명과학부·의학계학부·치과학부·약학부·공학부·예술공학부·시스템정보과학부·종합이공학부·생문자원환경과학부 등 16개 일반대학원과 인간환경과학부·경제학부·의학계학부·법학부 등 4개 전문대학원을 두고 있다. 후쿠오카 시에 부속병원이 있으며, 부설연구소로 생산과학연구소·생체방어의학연구소·선도물질화학연구소·응용역학연구소·온천치료학연구소·산업노동연구소 등이 있다.

소설 <세상의 중심에서 사랑을 외치다>의 작가 카타야마 쿄이치가 규슈대학 출신이다.