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입출항 항공기 및 선박의 검역, 항공기 및 선박의 위생검사, 구충·구서·훈증 소독, 예방접종, 세균검사, 검역구역 방역, 검역정보 및 검역통계와 수입식품 등의 서류검사, 관능검사, 이화학적 검사, 미생물검사, 표시사항 검사, 통계업무 등을 담당하고 있다. 국립검역소 직제(대통령령 제12884호, 1989.12.30)에 의하면 국립검역소와 그의 사무를 분담하기 위하여 필요한 지역에 검역소의 지소를 둘 수 있도록 규정되어 있으며 이에 따라 전국에 13개 국립검역소와 6개 지소가 설치되어 있다.

서울검역소는 김포국제공항·오산군용비행장, 부산검역소는 부산항, 인천검역소는 인천항·평택항, 군산검역소는 군산항·장항항·고정항, 목포검역소는 목포항·광주비행장, 여수검역소는 여수항·광양항, 마산검역소는 마산항·진해항, 김해검역소는 김해국제공항, 충무검역소는 충무항·삼천포항·옥포항·장승포항, 울산검역소는 울산항·미포항, 포항검역소는 포항항·대구비행장, 동해검역소는 묵호항·동해항·삼척항·속초항, 제주검역소는 제주항·제주국제공항의 검역을 담당하고 있다.

검역소의 지소는 군산검역소의 고정지소, 여수검역소의 광양지소, 충무검역소의 삼천포지소, 동해검역소의 묵호지소, 제주검역소의 제주국제공항지소가 있다. 최근 수입자유화정책에 따른 수입식품 검사업무와 후천성면역결핍증(AIDS) 예방법 및 동법 시행령에 의한 외항선원의 후천성면역결핍증 검진업무 등이 증가하고 있다.

이에 따라 1989년 12월 30일의 직제개편을 통해 수입식품에 대한 최초의 검역기관으로서의 기능을 강화하기 위하여 수입식품 검사의 대부분을 담당하고 있는 3개 검역소(서울·부산·인천)에 각각 식품검사과를 신설하고 소요인력을 증원하였다. 1989년의 경우 항공기 2만 2,440대, 선박 2만 2,033척의 선원·승무원·승객 491만 9,452명(선박 55만 1,920명, 항공기 436만 7,532명)에 대한 검역을 실시하였고 내외국인에 대하여 7만 9,532건의 콜레라와 황열병 예방접종을 실시하였다.