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1882년 정부포고령에 따라 초종교적 국가종교인 국가신도에서 분리되었다. 이들은 공식적인 지원을 받을 수 없었으며 교회 또는 교파로 불렸는데 이는 국가에서 인정하는 사원으로서 국가기관처럼 간주되던 신사와 구별하기 위해서였다.

정부는 이들을 1908년까지 13개 교파로 정리했다. 학자들은 이들을 종교적 신앙의 특성에 따라 몇 개의 집단으로 분류했다.

주요한 집단은 ① 복고신도：신토타이교[神道大敎], 신리교[神理敎], 이즈모오야시로교[出雲親代敎] 또는 다이샤교[大社敎], ② 유교계：신토슈세이파[神道修成派], 신토타이세이파[神道大成派], ③ 산악신앙계：짓코교[實行敎], 후소교[扶桑敎], 미타케교 또는 온타케교[御岳敎], ④ 순신도계：신슈교[神修敎], 미소기교[禊敎], ⑤ 이상 또는 신앙요법 분파：구로즈미교[黑住敎], 곤코교[金光敎], 덴리교[天理敎] 등이 있다.

이 분파들은 수많은 산하 분파들과 신도조직들을 발전시켜 제2차 세계대전이 끝난 뒤 독자적인 조직이 허용되자 종래의 13개에서 75개로 늘어났다. 논리정연한 교리, 개종, 전도를 강조한다는 점에서 현대 일본에서 발생한 '신흥종교'의 원형이 된 것들도 있다. 이중 영향력이 가장 큰 것은 덴리교이다.