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당시 남인 시파 가운데는 서학(西學), 곧 천주교를 믿는 이들이 많았다.

남인 벽파와 집권 노론은 당시 사교(邪敎)로 규정되었던 천주교에 대한 탄압을 빌미로 남인 시파를 정계에서 몰아냈다. 이 때문에 남인 벽파를 공서파(攻西派), 남인 시파를 신서파(信西派)라 부른다. 공서파의 대표적인 인물들은 목만중(睦萬中)·홍낙안(洪樂安)·이기경(李基慶)·박장설(朴長卨)·홍의호(洪義浩) 등이며, 신서파로 몰려 희생당한 인물들은 권철신(權哲身)·이가환(李家煥)·이기양(李基讓)·오석충(吳錫忠)·이승훈(李昇薰)·정약종(丁若鍾)·정약전(丁若銓)·정약용(丁若鏞) 등이다.

영조(英祖) 즉위 초에 소론(少論)은 노론의 축출을 위해 무장봉기를 일으킨다.

무신란(戊申亂) 또는 이인좌란(李麟佐亂)이 그것이다. 노론 집권당은 이 사건의 수습과정에서 남인, 소론 등 반대당파를 철저히 제거했다. 노론의 전제정치가 이어지는 가운데, 이와 관련하여 사도세자(思悼世子)가 희생되고, 이 문제에 대한 입장을 놓고 노론이 시·벽 양파로 나뉘어 대립했다. 그뒤 정조가 즉위하여 채제공(蔡濟恭)을 영의정으로 기용하자 노론이 채제공을 공격했고, 이같은 노론측의 공세에 대한 남인측의 대응 태도 때문에 1790년(정조 14) 무렵 남인도 시파와 벽파로 갈리게 되며, 천주교와 관련해서는 공서와 신서로 나뉘어 대립했다.

정조는 노론의 전제를 견제하고 왕권을 강화하고자 했다.

그는 소상품생산자와 그를 유통시키는 세력을 지지함으로써 중소지주층의 이해를 대변하는 것으로 보이는 남인들을 비호하고 육성하게 되었다. 그러나 이는 필연적으로 특권상인과 대토지소유자로 특징지워지는 노론세력과 대립하게 마련이었다. 막강한 노론세력을 조심스럽게 견제하면서 자신의 구상을 펼쳐나가던 정조가 죽자, 일시 위축되었던 노론 벽파는 다시 세력을 얻게 되었다.

정순왕후(貞純王后) 김씨가 수렴청정(垂簾聽政)을 시작했기 때문이었다. 이들은 1차적으로 남인을 제거하려 했다. 이러한 상황에서 1791년 윤지충(尹持忠)·권상연(權尙然)의 옥사(獄事：이른바 珍山事件, 또는 辛亥邪獄)가 일어나자 홍낙안 등이 이 사건을 빌미로 남인 시파를 제거하고자 했다.

1801년 압수된 정약종의 책롱(冊籠)에서 교리서, 성구, 신부와 주고받은 편지 등이 나와 이것이 신유사옥(辛酉邪獄)으로 확대되었고, 남인 제거의 명분은 더욱 뚜렷해졌다.

이로 인해 이가환·정약용·이승훈이 즉시 투옥되고, 정약종·정약전·이기양·권철신·오석충·홍낙민(洪樂敏)·김건순(金健淳)·김백순(金伯淳) 등이 차례로 투옥되었다. 이 사건으로 정약전·정약용 형제와 이기양·오석충 등은 유배당하고, 정약종·이가환·권철신·이승훈·김건순·김백순·홍낙민 등은 모두 처형되었다.

여기에 다시 황사영백서(黃嗣永帛書) 사건이 일어남으로써 홍희운(洪羲運：곧 홍낙안), 이기경 등의 주장으로 정약전·정약용 형제와 이치훈(李致薰)·이관기(李寬基)·이학규(李學逵)·신여권(申與權) 등이 또 체포되었다.

이후 정조의 비호를 받아 성장한 남인세력은 다시 회복될 수 없는 지경으로 타격을 받고 완전히 중앙정계에서 밀려나게 되었다.

즉 중국인 신부 주문모(周文謨)가 천주교 탄압은 남인 때문이라고 말한 점이나, 황사영이 백서에서 이가환과 정약용은 벽파가 심히 꺼리므로 이들이 배교(背敎)·해교(害敎)했음에도 불구하고 계속해서 천주교가 탄압되는 것이라고 한 점에서 명백히 드러나듯이, 공서파에 의한 천주교 탄압은 남인 시파, 즉 신서파를 정계에서 몰아내기 위한 명분에 불과한 것이었다.