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고문서의 분류는 문자표기·시대별·공간개념·발급자·내용 등의 기준에 의해 이루어진다. 문자표기면의 경우 한자와 이두, 국문, 국한문혼용, 외국어 사료로 구분할 수 있다. 시대별 구분은 고대·중세·근대별 또는 삼국·통일신라·고려·조선시대로 구분할 수 있다.

공간개념에 의한 분류는 우선 국내와 국외로 나누어지는데, 국내는 중앙과 지방사회의 문서로, 국외의 문서는 사대와 교린관계의 외교문서로 분류될 수 있다. 그리고 발급자의 신분에 따라서 관부에서 발송한 문서를 공문서, 일반민 사이에 발행한 문서를 사문서라 부른다. 고문서의 또다른 분류는 내용에 따라 정치·외교·경제·종교·문화·국방·의식·토목공사 등으로 나눌 수 있다.

고문서의 분류는 연구자가 중시하는 시대와 현존하는 고문서의 분량에 따라 달라질 수 있으나, 편의상 작성 발송자를 기준으로 하여 국가, 왕실, 중앙관청, 지방관청, 사원, 유교기관[書院], 기타 결사, 호주와 개인, 외교 등의 항목으로 나누어볼 수 있다. 고문서는 시대에 따라서 그 양식과 내용이 변천을 거듭하기 때문에 이를 정리하여 체계화시키는 학문이 필요한데 '고문서학'이 그것이다.

'고문서학'의 대상은 고문서의 종류, 고문서의 구성(내용과 서식, 작성의 수속과 방법), 고문서의 형태(재료·형태·서체·인장) 등이다. 이를 통해 고문서의 가신성과 진위를 밝힐 수 있다.