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평상시에는 내의원(內醫院)과 전의감(典醫監)이 있었으나, 왕과 왕비의 병환이 위독할 때에는 특별히 시약청(侍藥廳)과 의약청을 설치하여 담당자를 궁중에 상주하게 하여 투약에 신중을 기하였다. 그러므로 의약청은 필요에 의하여 그때그때 설치된 임시관청이라 할 수 있다.

처음 의약청이 기록에 보이는 것은 1625년(인조 3) 12월로, 운궁(運宮)의 증세가 위중하여 의약청을 설치하고, 도제조 이하 3인의 실무자를 숙직하게 한 기록이다. 그 다음은 1674년(현종 15) 4월 왕비의 병환으로 의약청을 설치하고, 약방(藥房)에 김석주(金錫胄)를 참석하게 하여 약의 시투여(施投與)에 참여하게 하였다는 기록이 보인다.

또한, 1680년(숙종 6) 10월에 왕비의 두진(痘疹)으로 본청을 설하고, 김석주·신정(申晸)으로 하여금 경덕궁(慶德宮)에 숙직하게 하였고, 역시 숙종 때에 왕세자의 병환과 왕비의 병환으로 여러 번 본청을 설하였음을 알 수 있다.

이로써 의약청이 상설관청이 아니고 임시관청의 성격임을 알 수 있다. 그러나 그 사무의 한계와 직제의 내용에 대하여는 자세히 알 수 없다. 다만 왕·왕비·왕세자의 병환이 위중하였을 때 임시로 시약청과 의약청을 설치하여, 시탕(侍湯)과 치료제의 적부를 상의하는 책임을 맡게 한 것으로 보인다.