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이러한 교육자치제는 지방분권, 민중통제, 자주성 존중, 전문적 관리 등의 제원리에 입각하여 운영된다. 지방분권의 원리는 교육정책의 결정과 집행에 있어서 중앙집권을 지양하고, 지방으로의 권한 분산과 이양을 의미한다.

민중통제의 원리는 지방 주민의 대표로 구성된 교육위원회에서 교육정책을 수립하고 심의해서 결정하는 것을 의미한다. 자주성 존중의 원리는 교육활동의 자주성과 독립성을 보장할 수 있도록 하는 원리이다. 전문적 관리의 원리는 교육감을 비롯한 중요한 교육행정 인사에 있어서 교육 또는 교육행정의 전문성이 보장되어야 한다는 원리이다.

우리 나라 교육자치제는 미군정기인 1948년 8월 12일 <교육구 설치에 관한 법령>(군정법령 제216호)과 <교육구회 설치에 관한 법령>(군정법령 제217호)이 공포되면서 제도화되기에 이르렀다.

그러나 이 법령은 미군정의 종식으로 실시되지 못하였으나 정부 수립 후 <교육법>을 제정할 때 교육구와 교육위원회에 관한 규정의 토대가 되었다.

그러나 이 <교육법>과 1952년 4월 23일에 공포된 <교육법시행령>에는 교육자치제의 실시에 앞서 지방자치가 선행되어야 한다는 규정이 있어서 그 시행이 지연되어 왔다. 그러다가 1952년 4월 25일 지방자치제가 실현됨에 따라 같은해 6월 4일 교육자치제의 역사적인 출범을 하게 되었다.

하지만 1961년 5 · 16군사정변의 발발로 각급 의회가 해산되고 같은 해 9월 1일 공포된 <교육에 관한 임시특례법>(법률 제708호)에 의하여 교육자치제는 그 시행 10여년만에 폐지되었다.

군정 하에서 교육계의 교육자치제 부활운동이 계속되자 <교육법>이 개정(1963.12.26.)되어 1964년 1월 1일부터 교육자치제는 이전의 시 · 군단위 교육자치제에서 특별시 · 광역시 · 각 도에 교육위원회를 두는 대교육구제의 형태로 바뀌었다. 특별시 · 광역시 · 도 의회가 의결기관으로, 교육위원회는 합의제 집행기관의 성격을 띠면서 재출발하게 되었다.

그러나 이 역시 지방자치를 전제로 한 것이었기 때문에 변형된 형태로서 교육자치제의 제도적인 명맥만 유지해왔다. 이후 1968년과 1972년의 <교육법> 개정을 통하여 다소간의 변화는 있었지만, 유보된 형태의 교육자치제는 제3 · 4 · 5공화국 동안 계속되었다.

한때 제6공화국은 <교육법> 개정(1988.4.6.)을 통해 시 · 도와 시 · 군 · 구에 공히 의결기관으로서 교육위원회와 독임제 집행기관으로서 교육장을 두는 원형에 가까운 교육자치제의 토대를 마련하였으나 지방의회가 구성되기 전이어서 발효되지 못하다가 <지방교육자치에 관한 법률>의 제정(1991.3.8.)으로 폐기된 바 있다.

<지방교육자치에 관한 법률>은 부칙 규정에 따라 지방의회의원 선거일인 1991년 3월 26일부터 발효되었고, 지방의회가 구성된 후 교육위원회도 구성됨에 따라 지방자치시대의 교육자치제를 실시하게 되었다.

1991년 이후 교육자치제의 특징은 교육위원회의 성격이 종전의 합의제 집행기구에서 합의제 의결기구로 바뀌었다는 것과 교육위원회의 구성방식에 많은 변화가 있었다는 점인데 이후로 전반적으로 국민대표성을 확대해 가고 있는 추세이다.

최근에는 학교운영위원회의 참여를 연계시키기도 하였으나 광역단위 교육자치제의 골격은 현재까지 유지되고 있다.