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정치적 결사의 성격을 갖는 대동계를 조직하여 활동하다가 모반을 꾀한다는 서인의 탄핵을 받고 체포되기 직전 자결했다. 천하공물설·하사비군론과 같은 당시로는 혁신적인 사상을 표방했다. 본관은 동래. 자는 인백, 호는 죽도. 아버지는 첨정 희증이다. 이이(李珥)의 문인이다.

1567년(명종 22) 진사가 되고, 1570년(선조 2) 식년문과에 급제했다. 1583년 예조좌랑을 거쳐 이듬해 수찬에 올랐다. 처음에는 서인으로서 이이와 성혼의 후원을 받았으나, 이이가 죽은 뒤 당시 집권세력인 동인 편에 서면서 이이·성혼·박순을 비판했다. 이에 따라 서인의 집중적인 비판의 표적이 되고 선조의 눈밖에 나게 되자 벼슬을 버리고 고향으로 돌아갔다. 이후 진안 죽도에 서실을 짓고 사회를 열어 강론을 펴는 등 활동을 전개하면서 인근의 사람들을 규합하여 대동계를 조직했다. 대동계는 신분에 제약을 두지 않고 가입을 허가했으며 보름마다 1번씩 무술훈련을 하는 등 호남을 중심으로 세력을 확장해갔다.

1587년에는 전주부윤 남언경의 요청으로 대동계원을 이끌고 전라도 손죽도에 침범한 왜구를 물리치기도 했다. 그뒤 황해도 안악의 변숭복·박연령, 해주의 지함두, 운봉의 승려 의연 등과 왕래하면서 대동계의 조직을 전국적으로 확대했다. 1589년 한강이 언 틈을 타서 입경, 대장 신립 등을 죽이고 병권을 탈취하려 한다는 안악군수 이축, 재령군수 박충간 등의 고변으로 관련자들이 차례로 체포되고 그도 관군에게 쫓기게 되었다. 아들 옥남과 함께 죽도로 피했으나, 포위망이 좁혀들자 스스로 목숨을 끊었다. 실제로 그가 대동계를 이용하여 반란을 꾀했는지는 확실하지 않으며, 이에 대해서는 조작설과 역모설의 양설이 있다.

정철 등 서인의 주도로 사건이 조사되면서 이발·백유양·최영경(崔永慶) 등 동인의 주요인물이 거의 연루·제거되었으며 이때 숙청된 인사는 1,000여 명에 달했다. 이 기축옥사로 동인의 세력은 크게 약화되었으며, 이후 전라도를 반역향이라고 하여 호남인들의 등용이 제한되었다.

그의 사상을 체계적으로 살펴볼 수 있는 자료는 전하지 않는다. 그러나 단편적으로 전하는 언동을 통해 볼 때 조선왕조를 지탱하고 있던 주자학적 가치관과는 적지않은 차이를 갖고 있었음이 분명하다. "천하는 공물인데 어찌 일정한 주인이 있으랴"라는 주장과 "충신이 두 임금을 섬기지 않는다고 한 것은 성현의 통론이 아니었다"는 주장이 이를 보여준다. 또한 민중군경하기 때문에 왕위계승은 혈통보다는 자격여부가 더욱 중요하다고 강조, 요(堯)·순·우(禹)로 이어지는 왕위의 선양을 이상적인 모범으로 간주했다. 이는 봉건왕조의 기본적 가치관의 하나인 군신강상론을 부정하는 것으로서, 당시로서는 받아들여질 수 없는 혁신적인 생각이었다.

그의 '모반'이 조작된 것이라면 동인과 서인 사이의 정쟁뿐만 아니라 이처럼 '위험한' 사상도 하나의 요인으로 작용했을 것이다. 그의 사상은 후대 실학자들의 민권사상에 계승되었다.