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당시 네덜란드의 암보이나 식민정부는 일본인 10명, 영국인 10명, 포르투갈인 1명을 처형했다. 이 사건으로 이 지역에서 영국과 네덜란드 정부가 수년 동안 추구해온 목표인 양국간 협력에 대한 희망이 완전히 무너졌다. 이 사건은 인도네시아에서 네덜란드 세력의 부상이 시작되었음을 상징한다.

1601~25년 네덜란드 동인도회사는 스파이스 군도(말루쿠：옛 이름은 몰루카)의 한 섬인 암보이나에 기반을 닦았다.

네덜란드 수비대가 빅토리아 요새에 주둔했으며 네덜란드인 지방총독이 임명되었다. 그러나 영국 동인도회사와 손잡고 있던 영국 상인들 역시 이 섬에 상당한 매력을 느끼고 있었다. 그들의 관심은 결국 네덜란드와의 분쟁을 야기했다.

1623년초 네덜란드인 지방총독 헤르만 반 스포일트는 영국 상인들이 일본인 용병들의 도움으로 그를 죽이고 이들을 지원할 영국 함선이 도착하면 네덜란드 수비대를 무장해제시키려는 음모를 꾸미고 있음을 확인했다. 그래서 그는 혐의자로 추정되는 사람들을 체포할 것을 명령했다. 이들은 고문을 받고 자신의 유죄를 인정했으며 암보이나 법정에서도 혐의가 인정되어 1623년 2월 사형에 처해졌다. 이 사건에 학살이라는 명칭을 붙인 쪽은 영국이다.