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1949년 12월까지는 네덜란드의 식민지였다. 수마트라 섬과 여기에 인접한 섬들, 마두라 섬을 포함한 자바 섬, 보르네오 섬(오늘날 말레이시아의 사바 주와 사라와크 주 및 브루나이가 있는 북부 보르네오는 제외), 셀레베스 섬, 상기에 제도, 탈라우드 제도, 몰루카 제도, 자바 섬 동쪽의 소순다 열도(포르투갈령인 티모르 섬 절반과 오에쿠스는 제외) 등으로 이루어져 있다.

이리안자야로 이름이 바뀐 네덜란드령 뉴기니 역시 1962년 8월 인도네시아로 넘어갔다.

제2차 세계대전 동안 네덜란드령 뉴기니 남쪽 일부를 뺀 네덜란드령 동인도 전체는 일본에게 점령되었다. 1945~49년 네덜란드가 지배권을 되찾으려 했지만 실패했고, 이 제도는 1949년에 독립을 이루었다.