독특한 그리스도교적 시각으로 동·서양 관계를 고찰한 것으로 유명하다. 11세에 어머니와 백모의 인도로 가톨릭 세례를 받았다. 1949년 게이오대학[慶應大學] 프랑스 문학과를 졸업하고, 1950~53년에는 프랑스의 리옹대학에서 프랑스 현대 가톨릭 문학을 공부했다.

초기 소설인 〈하얀 사람 白い人〉(1955)·〈노란 사람 黃色い人〉(1955)은 이후 대부분의 그의 작품들이 나아갈 방향을 제시했으며 일본과 서양의 경험과 전망을 대비시키고 있다. 〈바다와 독약 海と毒藥〉(1957)에서 그는 일본인 의사가 추락한 미군 조종사를 해부하는 전쟁이야기를 자세히 기록하면서, 일본인의 도덕의식을 고찰하고 있다. 엔도의 가장 설득력 있는 소설이라 할 수 있는 〈침묵 沈默〉(1966)은 포르투갈의 신부들이 일본에 온 후 일본인 신자들이 학살되는 전말을 소설화한 것이다.

이 소설과 아울러 쇼군[將軍]을 대신해서 멕시코·스페인·로마를 두루 순방하는 한 사무라이의 여행을 감동깊게 그린 〈사무라이 さむらい〉(1980) 역시 유연하고 막힘없는 서술과 함께, 문화간의 복잡한 상호작용을 잘 보여준 가장 우수한 작품으로 꼽히고 있다.

그밖에 〈화산 火山〉(1959)·〈휘파람을 불 때 口笛を吹く時〉(1974)를 비롯하여 많은 코믹 소설 등 광범위한 분야의 소설을 썼으며, 단편소설·드라마·에세이·전기 등도 남겼다. 국제문학단체인 펜 클럽 일본지부의 회장을 지내기도 했다.