모호크 강과 바즈 운하에 접해 있다. 올버니·트로이 등과 함께 도시공업단지를 형성한다. 1661년 네덜란드 정착지로 세워졌고 모호크족 마을인 스카우낙타다('소나무 숲의 건너편')에서 그 이름을 따왔다. 1690년 이 마을은 프랑스인들과 인디언들에 의한 스케넥터디 대학살 사건으로 인해 크게 파괴되었다.

1700년대초 영국 정착민들이 유입되면서 이 지역(폭포들이 줄지어 있는 곳의 윗부분)을 요새화했으며, 허드슨 강에 있는 올버니와 모호크 강을 이어주는 연수육로의 종착지로 발전했다. 한창 번창하던 선적업은 1825년 이후 이리 운하가 개통됨으로써 쇠퇴했다.

1831년 모호크-허드슨 철도가 들어오고, 1848년 기관차 공장들이 건립됨으로써 경제회복이 촉진되었다. 1886년 에디슨 기계공장이 뉴욕에서 이곳으로 이전해왔으며 1892년 일련의 합병을 통하여 제너럴일렉트릭사(社)가 탄생해 이곳에 주요 관리사무국을 두었다. 그이후 다양한 전기장비를 제조하는 공장들과 핵연구 센터를 포함한 여러 가지 실험연구소가 설립되었다. 스포츠 용품, 전선과 케이블 장비, 화학제품 등도 제조된다.

1795년 유니언대학과 유니언대학교가 설립되었다. 이 대학의 40㏊에 이르는 캠퍼스에는 잭슨 식물원이 있다. 1968년 스케넥터디군지역사회대학이 문을 열었다. 지나간 식민시대 역사가 도심에 있는 스톡케이드 사적지역에 보존되어 있다. 1765년 자치시가 되고 1798년 시가 되었다.