때로는 생체가 자발적으로 생성하는 독(생체독소)만을 가리킬 때도 있다. 세균이나 쌍편모충류·조류(藻類)와 같은 미생물이 만드는 독소 외에 진균류·고등식물·동물이 만드는 진균독소·식물독소·동물독소 등이 있다. 식물독소는 독소생성의 근원에 관계없이 식물에 유독한 물질을 나타내기도 한다.

일부 생체독소는 독소를 생성하는 유기체에 거의 쓸모가 없는 것처럼 보이나 그 유기체의 대사과정에 미지의 역할을 하거나 노폐물일 수도 있다. 그러나 대부분의 생물독소는 경쟁자의 성장을 억제하거나 잡아먹히는 것을 방지하는 등 그 유기체에 분명한 이익을 준다. 알려져 있는 수천 종류의 식물독소 대부분은 특정 동물, 특히 곤충으로부터 식물을 보호한다고 밝혀져 있다. 이와 비슷한 방어용 독소의 분비는 동물에게 많으며 조직에 널리 분포하거나 특정 조직에 농축되어 있다. 특히 후자의 경우 가시나 뱀의 독아 같은 특정 전달계에서 흔히 볼 수 있다.

많은 동물들(예를 들면 거미나 뱀의 일부)은 먹이를 확보하거나 방어용으로 독을 내뿜는다. 평소에 먹을 수 있는 많은 어류나 조개류가 독성 식물이나 조류를 먹고 나면 독성을 갖게 되므로 이러한 어류나 조개를 먹으면 독이 신경계를 상해해 때때로 라틴아메리카에서 발생하는 시구아테라(ciguatera)라는 중독증에 걸려 치사상태에까지 이르게 된다.